iOS 9.2.1 inclut des mises à jour de sécurité et des corrections de bogues. Apple n'a publié aucun détail sur les mises à jour de sécurité, mais il est probable qu'elles soient liées au récent exploit Pegasus. Apple a également corrigé plusieurs bogues, notamment un problème qui empêchait les applications de répondre après avoir appuyé sur des liens dans Safari et Mail.